TCGA突变数据如何做分析？
时间:2019-07-31 来源:原创 作者:biowolf.cn
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| 在之前的课程中，我们给大家详细介绍了，TCGA数据库基础分析，基因数据下载，数据提取，生存分析；ceRNA网络构建，cox风险回归模型；TCGA甲基化分析，甲基化驱动基因分析；还有单独讲解TCGA临床分析，组间差异分析等；丰富的内容，专业的课程讲解，让很多学员不但基础知识提高，而且也有很多学员成功发文见刊（购买课程：生信商城）。 在答疑过程中（答疑QQ：2749657388），很多学员建议我们录制SNP突变数据分析，那么接下来我们给大家介绍SNP。SNP（单核苷酸多态性）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均没500-1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。  那么首先要解决的数据下载，关于数据下载，我们之前也一直强调，一定要从官网下载：https://cancergenome.nih.gov/；之前也有学员说，他在其他网址下载数据，做好分析写好论文投稿，最后编辑说数据可靠性无法保证，只能退稿，重新下载数据，重新分析写论文，希望各位学员引以为戒，官网的数据下载和整理相对麻烦，但是只要大家耐心学习我们的课程，跟着课程操作，用脚本就可以很方便的提取和整理数据。  下载好数据，接下来需要对数据进行处理，大部分基因在很多样品里面都是没有突变的，下载了数据之后，先对样品的图片情况进行排序，看看哪些样品在癌症里面图片的频率比较高，重点关注这些基因。  (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
|
- 上一篇：TCGA临床数据整理分析课程
- 下一篇：基于TCGA数据库肿瘤免疫细胞浸润分析流程