生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

TCGA是什么，这里就不介绍了，大家自行检索吧。它的数据下载分为两种：1.网页下载（数据量大时不稳定），2.命令行下载（方便大数据下载）。
现在要讲的就是命令行下载。

1.打开TCGA主页，点开Launch Data Portal
2.1.选GDC Apps---Data Transfer Tool---下载后解压，存到你想存的文件夹里
2.2解压后文件名叫gdc client.exe
3.1.点data，进去页面，点左边的case，选择pancreas（学习的例子是以胰腺癌为例）
3.2 点case旁边的file，然后勾选选项。我就不说为什么选这些选项了，这些都是根据自己的需要来选，现在勾选的这些是用来举例子的。选完之后点中间蓝绿色的键，Add all files to the cart，于是cart（购物车）里就有182个文件了。

3.3点右上角的cart进入这个页面，点download，就会出来manifest和cart。点击manifest，直接下载，与gdc client.exe放在同一目录下面。