还在傻傻的说TCGA没有癌旁？GTEx来助力
时间:2019-07-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
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还在傻傻的说TCGA没有癌旁？
GETx数据库31个部位的表达数据来助力 
你是否遇到这样的问题，TCGA癌旁太少甚至没有，做免疫做到后面癌旁样本只剩下5个一下的个位数，审稿人冷不丁的来一句这么少的癌旁有没有意义？那么有了GTEx数据库，有正常样品助力，这些都不再是问题。
GTEx（Genotype-Tissue Expression，基因型-组织表达）数据库，研究从来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本，涵盖44个组织（42种不同的组织类型），包括31个实体器官组织、10个闹分区、全血、2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系，GTEx对几乎所有转录基因的基因表达模式进行了观察，从而能够确定基因组中影响基因表达的特定区域。我要先了解GTEx数据库：看简介    GETx数据库这么强大，我也想试试。当然可以，我们给大家录制了《GTEx数据库联合TCGA做分析》的课程，进入了解课程，里面还有试学课程哦。 有学员再问，GTEx数据库的数据有什么用呢？最大的用途就是补充TCGA癌旁不足，如果可以达到这个目的，那么后面可做的分析就太多了，基本我们之前每一个套路都可以再来一遍，而且还不用担心重复，因为现在做联合分析的确实不多，脑洞打开的学员已经想到了，是先联合呢，还是先分离mRNA、lncRNA呢？看到要分离mRNA和lncRNA了，就知道这学员要做ceRNA网络构建了，这可是2017-2018年的绝对热门。对了，还有学员已经想到，免疫浸润套路，m6A套路，单基因挖掘，可以做的分析真是太多了，当然需要大家有一个清晰的思路，和对我们课程的精通。  看了这么多，我还是先学习《GTEx数据库联合TCGA做分析》的课程吧。 如果还觉得没底，我只想要一份整理好的正常人数据，拿来看看，然后自己试试？可以，我们整理了里面31个部位的表达矩阵（整理好的数据是处理过的：log2(X+1)） 请联系微信：18520221056  生信自学网推荐： 《GTEx联合TCGA数据库挖掘》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式》 《TCGA肿瘤微环境》 《单基因挖掘套路基于TCGA数据库》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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