TCGA下载和提取miRNA表达数据
时间:2017-06-05 来源:原创 作者:BioWolf
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| 一、数据库：TCGA 二、内容：下载miRNA表达数据文件，提取miRNA表达矩阵文件 三、癌症数据：宫颈鳞状细胞癌CESC 四、方法： 1、可视化下载txt原始文件 2、perl脚本提取miRNA表达矩阵，为接下来的差异表达做数据准备 五、下载步骤： 1、第一步和“TCGA临床数据下载”的步骤一样，直接参考 2、选择的方法：CASE选项框依次选择——"Primary Site"-Cervix——"Cancer Program"-TCGA——"Project"-TCGA-CESC——其他默认即可 Files选项框依次选择——"Data Category"-Transcriptome Profiling——"Data Type"-miRNA Expression Quantification——其他默认即可  这是右边可以得到Cases数目307个，Files数目312个，大小是15.70M，Cases数目大于Files的数目，说明某些样本有多个表达数据文件。  3、点击"Add all files to the cart"，然后进入右上角的"Cart"进入数据展示和下载页面 说明："Cart"是TCGA数据库类似购物车的一个工具，里面是我们选到的数据界面。 4、在“Cart"页面中，我们需要下载3个数据：Metadata、"Download"-Manifest、Cart 说明： Metadata：最后一次随访的临床数据 Manifest：样本注释文件，主要用于Data Transfer Tool工具下载数据时使用 Cart：压缩包，包含所有的txt文件，也就是miRNA表达数据的压缩包文件。  5、当Cart文件夹大于50M时，只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。我们这里的Cart是15.70M，可直接可视化下载。  六、提取miRNA矩阵 1、解压Cart压缩包，得到312个文件夹，每个文件夹就是一个数据文件，需要把这些文件提取到一个矩阵文件。 2、把脚本文件，Manifest文件、312个文件夹放在一个文件夹中，运行脚本，即可得到miRNA表达矩阵。  (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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