可变剪切挖掘生信文章解读
时间:2019-07-29 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| 可变剪切挖掘生信文章解读 文献：Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer  文献下载：关注微信公众号：biowolf_cn，回复“可变剪切”，即可下载文献原文。 背景：新的证据表明异常选择性剪接（AS）是癌症发展和进展中普遍存在的事件。然而，与结直肠癌发生和进展有关的异常剪接事件的信息仍然不清楚。  材料与方法：本研究从肿瘤基因组图谱（TCGA）中获取499例结肠癌（COAD）和176例直肠腺癌（READ）的临床病理信息，探讨选择性剪接事件与癌变的关系。结直肠癌（CRC）的发生和预后。利用多种生物信息学工具进行了基因相互作用网络构建、功能和途径富集分析。  结果：总的来说，大多数AS模式在结直肠癌组织中比相邻正常组织更活跃。我们共检测了35391例COAD中9084个基因的事件和34900例READ中9032个基因的事件，其中一些基因在癌组织和正常组织之间存在差异拼接，包括SULT1A2, CALD1, DTNA, COL12A1 和 TTLL12基因。在肌肉器官发育、细胞骨架组织、肌动蛋白细胞骨架组织、生物黏附和细胞黏附等生物学过程中，差异剪接基因丰富。Coad综合预测模型的AUC为0.805（敏感性：0.734；特异性：0.756），而Read预测模型的AUC为0.738（敏感性：0.614；特异性：0.900）。此外，还发现了一些与事件相关的预后，包括PSMD2, NOL8, ALDH4A1, SLC10A7 和 PPAT基因。  结论：我们总结了选择性剪接在结直肠癌发生和预后中的作用。构建了相互作用网络和功能连接，阐明了CRC选择性剪接的基本机制。 入门学习TCGA数据库可变剪切，可以学习生信自学网原创专利课程： 《可变剪切5分文章套路》 Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer文章分析步骤： Step1：对COAD和READ的可变剪切事件进行了统计，总结各可变剪切类型所发生的次数，以及对应的基因数，采用UpSet图进行展示。  Step2：识别差异可变剪切事件，并对其中部分基因构建基因互作网络   Step3：可变剪切基因进行GO和KEGG富集分析  Step4：评估可变剪切事件预测CRC发生的能力  Step5：多cox回归分析识别预后因子，并对其中显著相关的预后因子进行分析。  生信自学网精品课程推荐： 《可变剪切5分文章套路基于TCGA数据库》 《单基因3-5挖掘套路基于TCGA数据库》 《肿瘤微环境基于TCGA数据库》 《肿瘤突变负荷TMB分析》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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