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单细胞测序技术生信分析可参考的8篇经典综述

时间:2020-02-02  来源:生信自学网   作者:乐伟   
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单细胞生物学最近几年是非常热门的话题。在这一领域中，不得不提Single-cell sequencing单细胞测序技术。使不同细胞类型得以精细区分，使得科学家们在单细胞水平进行分子机制研究成为可能。
单细胞测序与普通测序不同在于普通测序所提取的RNA（或DNA）源于样本中的多个细胞，所以普通测序的结果不可避免的会受到不同细胞间异质性（Heterogeneity）的影响，而单细胞测序则是针对单个细胞的基因组进行测序，能够更好地帮助我们认识细胞与细胞之间的差异。
而同一组织中的细胞间都是存在异质性的，更不必提不同组织、不同系统中细胞的异质性了。这一异质性，会影响我们对细胞基因功能认知的准确性。单细胞测序能够帮助我们了解那些难以培养的微生物的基因组功能、了解遗传镶嵌功能（Genetic mosaicism）在普通生物学功能或是疾病发生中的作用、了解肿瘤内在异质性对肿瘤发展以及耐药性的影响、重新定义细胞亚型等等。
单细胞测序技术这么热门，我们肯定不能错过，特此总结了8篇文献分享给大家更好了解研究它：
1、Nat Rev Nephrol杂志上2018年发表的综述，主题是单细胞RNA测序在发育、生理和疾病研究中的应用，主要介绍了单细胞测序技术的流程、不同单细胞捕获方法、数据分析流程和软件，以及应用等等。
Single-cell RNA sequencing for the study of development, physiology and disease.Nat Rev Nephrol.

general strategy for scrNA-seq

Microdroplet-based scrNA-seq

Creation of a single-cell-resolution virtual organ.

Use of cluster and subcluster methodology to define cell subtypes
2、在Nat Rev Cancer杂志上2018年发表的综述主要从单细胞测序在肿瘤研究中的应用来展开，综述了单细胞测序的技术、在研究肿瘤异质性和基因组进化中的作用，并以肺癌为例说明了单细胞测序的应用场景：
Unravelling biology and shifting paradigms in cancer with single-cell sequencing.Nat Rev Cancer.

Single-cell sequencing for the decomposition of heterogeneous cellular populations and the analysis of rare cells in lung cancer

Single-cell sequencing can be leveraged to study cancer genetics and biology at all stages of disease development.
3、Trends Mol Med杂志2017年发表的关于单细胞RNA测序研究脑及神经系统疾病的综述，除了介绍单细胞测序的不同技术平台外，还探讨了在研究神经退行性疾病中的应用。
Single-Cell RNA Sequencing: Unraveling the Brain One Cell at a Time.Trends Mol Med.

Single-cell Sequencing Data Analysis Workflow
4、这篇综述的侧重点在单细胞测序用于细胞谱系（lineage）追踪，内容包括了不同的算法、策略等等：
Single-Cell Transcriptomics Meets Lineage Tracing.Cell Stem Cell.

Overview of Lineage Reconstruction Algorithms

Overview of Genetic Lineage Tracing Strategies
5、Nat Rev Immunol杂志上主题是通过单细胞RNA测序研究免疫细胞的异质性，具体来说不仅包括了技术：
Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity.Nat Rev Immunol.

还有不同的应用场景：

Single-cell profiling uncovers distinct cell subsets in disease

Characterizing heterogeneity within one immune cell population using scRNA-seq
6、这篇是介绍单细胞基因组学在免疫领域的研究，其中数据分析部分说的比较细，对分析感兴趣的同学可以多看看。
Single-Cell Genomics: Approaches and Utility in Immunology.Trends Immunol.

7、这篇Science综述也是从免疫角度来说的，比较简短。
Single-cell transcriptomics to explore the immune system in health and disease.Science.

Inferring cellular trajectories from single-cell data
8、 这篇nature methods是从微生物单细胞测序的角度来介绍的。
The trajectory of microbial single-cell sequencing.Nat Methods.

Timeline of scientific milestones in single-cell microbial sequencing.
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(责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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