TMB与免疫细胞浸润联合分析转录数组的下载和管-生信自学网

转录数组的下载与管理

点击链接进入TCGA GDC的主页面https://portal.gdc.cancer.gov/
首先查看购物车Cart里是否为空，若不为空则将里面的内容删除。

点击数据下载的按钮，进入数据下载界面。
选择疾病类型，从中选择组织、项目、类型等，比如我们选择胃癌，TCGA项目进行下载。
之后我们点击FILE找到转录组数据下载。选择好后加入Cart中就可以下载了。

在下载界面，我们需要下载manifast文件、cat文件、metadata文件。

文件下好后，我们需要对文件进行整理
我们要用到perl，可以在官网进行下载https://www.perl.org/get.html

下载安装好之后，我们需要将之前下载的文件中所有的压缩包文件整合到同一个文件中

解压后可以得到很多个数据文件
运行命令读取文件，最后可以得到整理好的矩阵