肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析

1、肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析

这次我们主要分析肿瘤突变负荷在不同的临床分组间是否具有差异。
通过结果可以的看出，肿瘤突变负荷和年龄、性别、分级、分期等的关系。

在进行临床性状的相关性分析前，我们需要准备肿瘤突变的TMB文件、临床数据文件和运行脚本。

我们先要对临床数据文件进行整理，先要对年龄进行排序，将年龄分成小于等于65岁和大于65岁两部分，然后是对分级一列进行排序，将G1和G2分为一组，G3单独放一组，同样的方法对分期、T分期、M分期、N分期进行排序，同样分为两列，如果想做三列四列的可自行修改。修改完之后就将临床数据保存到txt文件中

一切都设置好后，用R运行脚本，就可以得到我们的临床性状的差异图

2、按TMB对转录矩阵分组
接下来我们要按肿瘤突变负荷对我们的表达突变数据进行分组，从而得到转录组的矩阵。
我们要准备转录组的矩阵，还有我们的肿瘤突变负荷文件，最后是运行的脚本文件。

运行完我们的pl脚本后，我们就可以得到一个新的矩阵，在这个矩阵里，我们吧地突变负荷组的样品放在前面，高突变负荷组的样品放后面