TMB与免疫细胞浸润联合分析肿瘤突变负荷和临床
时间:2020-07-11 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析1、肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析这次我们主要分析肿瘤突变负荷在不同的临床分组间是否具有差异。通过结果可以的看出,肿瘤突变负荷和年龄、性别、分级、分期等的关系。 在进行临床性状的相关性分析前,我们需要准备肿瘤突变的TMB文件、临床数据文件和运行脚本。 我们先要对临床数据文件进行整理,先要对年龄进行排序,将年龄分成小于等于65岁和大于65岁两部分,然后是对分级一列进行排序,将G1和G2分为一组,G3单独放一组,同样的方法对分期、T分期、M分期、N分期进行排序,同样分为两列,如果想做三列四列的可自行修改。修改完之后就将临床数据保存到txt文件中 一切都设置好后,用R运行脚本,就可以得到我们的临床性状的差异图 2、按TMB对转录矩阵分组 接下来我们要按肿瘤突变负荷对我们的表达突变数据进行分组,从而得到转录组的矩阵。 我们要准备转录组的矩阵,还有我们的肿瘤突变负荷文件,最后是运行的脚本文件。 运行完我们的pl脚本后,我们就可以得到一个新的矩阵,在这个矩阵里,我们吧地突变负荷组的样品放在前面,高突变负荷组的样品放后面 购买课程《肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路视频(TMB预后模型)》 精品课程推荐: 《泛癌多基因-基因家族文章套路》 《泛癌单基因文章套路》 《中药复方网络药理学》 《WGCNA四分文章套路》 《RNA结合蛋白RBP文章套路》 (责任编辑:伏泽 微信:18520221056) |