TMB与免疫细胞浸润联合分析GSEA富集分析

1、GSEA富集分析输入文件的准备
在进行富集分析前，我们需要准备两个数据文件，分别是表达数据文件和表型数据文件，表达数据文件就是我们转录组的表达矩阵，它的行名是基因的名称，列名是样品的名称。而表型数据文件，其目的是告诉我们GSEA样品的属性，其中H表示高突变负荷组，L表示低突变负荷组

接下来我们准备着两个文件，一个是我们转录组的矩阵，另一个就是我们的TMB文件，这两个文件我在之前的文章里有提及，再者就是我们的脚本文件，通过它我们就可以得到表达数据文件和表型数据文件。

要得到表达数据文件，我们需要将我们转录组的矩阵文件进行整理，我们首先要将里面的正常样品删除，再跟我们TMB文件里的样品名字取交集，这样我们的表达数据文件就准备好了。

通过perl运行脚本，就可以得到需要的文件。

2、GSEA富集分析
在准备好输入文件后，就可以进行GSEA的富集分析，首先需要GSEA软件https://www.gsea-msigdb.org/gsea/index.jsp，在官网下载即可。

下载好后，我们用GESA打开我们准备好的文件，点击Run GESA，选择准备好的 TMB文件，配置好运行的条件，点击run，既可以得到我们的结果，在里面找到index.html文件打开，我们即可看到我们高突变负荷组和低突变负荷组的活跃程度。