TMB与免疫细胞浸润联合分析单因素COX分析和预后
时间:2020-07-11 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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单因素COX分析和预后构建模型1、单因素COX分析之前我们已经将差异免疫基因的表达和生存数据进行了合并，接下来我们可以通过单因素COX分析找出预后相关的免疫基因，下面是我们COX分析的结果，在表格里，第一列是我们基因的名称，第二列是HR值，如果HR值大于1的话，说明这个基因是高风险的基因，最后一列是COX的P值，如果P值小于0.05，说明这个基因和预后是相关的。  下面是我们单因素COX分析要用到的输入文件，这是我们之前合并得到的expTime文件，还有我们的配置文件。  我们将我们的脚本文件打开，复制到R中运行，这样我们就可以得到两个文件，一个是我们的单因素结果文件，另一个是预后相关的基因的表达文件    2、预后构建模型 在我们找到预后相关的免疫基因后，接下来我们就可以用这些基因去构建模型，我们将我们得到的预后相关基因的表达文件和我们构建模型的脚本放在一个文件夹里，配置好脚本文件后，在R中运行。然后我们就可以得到以下文件，一个是系数文件，里面是我们模型的公式，另一个就是风险文件，还有四个基因的生存曲线图。     购买课程《肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路视频(TMB预后模型)》 精品课程推荐： 《泛癌多基因-基因家族文章套路》 《泛癌单基因文章套路》 《中药复方网络药理学》 《WGCNA四分文章套路》 《RNA结合蛋白RBP文章套路》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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