CEO数据库单基因分析数据的注释及数据的矫正
时间:2020-07-23 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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GEO数据的注释及数据的矫正1、数据的注释我们已经从GEO数据库下载好了探针的矩阵和平台文件，接下来我们就要对GEO的数据进行注释。下图是我们下载好的矩阵，它的行名探针的名字，列名是样品名。因为平台文件里面有探针和我们基因名字的对应关系，所以根据平台文件，我们就可以将我们的探针的矩阵转化为基因的名字，得到我们基因的矩阵。  我们要先准备好我们的输入文件，输入文件就是我们之前得到的平台文件和矩阵文件，我们先把矩阵压缩包解压，将解压后的文件重命名为probeMatrix.txt文件，在将我们的平台文件重命名为ann.txt文件，这样我们的输入文件就准备好了。  之后我们打开cmd，用我们下载好的perl运行我们的脚本文件。运行完成后，我们就可以得到一个文件，这个文件就是注释后的文件。 在得到注释后的文件后，我们还需要对注释后的文件进行整理，我们将其中我们需要用到的数据放在一个txt文件中，方便做后续的分析，命名为clinical.xlsx文件。   2、数据的矫正 在得到基因的矩阵之后，我们要对基因的矩阵进行矫正，得到矫正后数据。  我们要用到的输入文件有注释后的数据矩阵文件和整理后的文件，还有我们生信自学网提供的脚本文件。我们先打开整理后的文件，将里面胃癌基因的名字全部都拷贝到一个txt文件中。  准备这一切后，我们就可以用我们下载好的R运行脚本文件，等到运行完成。我们可以得到一个normalize.txt文件，这就是矫正后的文件。   (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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