肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境打分和生存
时间:2020-08-05 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境打分和生存数据合并通过之前的操作，我们已经计算好了肿瘤的微环境，得到了基质细胞和免疫细胞的打分，得到了这两个打分之后，我们就需要将这个免疫微环境的打分是跟我们的生存数据进行合并。方便我们后续的生存分析，我们合并以后就可以得到这样一个表格。在这个表格里面，它的第一列就是样的名称，第二列是生存时间，它的单位是天，第三类的话是生存状态，1是代表这个病人已经死亡，0是代表这个病人还存活，接下来就是基质细胞免疫细胞的打分，最后就是综合的打分。 下面我们看一下怎么将微环境的打分和生存数据进行合并，我们要准备的输入文件一个就是我们做微环境时得到的打分文件scores.txt，另一个就是我们生存时间和生存状态文件clinical.xls。准备好这两个文件后，我们先对clinical.xls这个文件进行整理对生存时间、生存状态进行排序，删除时间、状态为空的数据，然后将基因名，生存时间和生存状态三列拷贝到新的文件中。这样我们输入文件就准备好了。输入文件准备好后，接着就是我们的脚本文件，脚本文件由生信自学网提供，感兴趣的学员可以关注我们购买相关视频学习。    一切都准备好后，用R运行我们的脚本文件，等待运行完成，我们就可以得到合并后的文件scoreTime.txt,我们就可以用它做后续分析。  精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》  (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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