一项基于TCGA数据挖掘的研究（三）

时间:2020-08-08  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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一项基于TCGA数据挖掘的研究（三） BTK有可能成为TME调节的指标         考虑到BTK水平与LUAD患者的生存和TNM分期呈负相关，高表达组和低表达组分别与BTK表达中位水平相比实施GSEA。如图7A和补充表2所示，BTK高表达组基因主要富集于免疫相关活性，如异体排斥反应、补体、干扰素等。对低表达组杀人案,代谢途径的基因丰富,包括糖酵解、氧化磷酸化,和典型的肿瘤通路(图7 b和补充表2),C7收集由MSigDB免疫基因集,多个免疫功能基因集富集在高对表达式组杀人案(图7 c和补充表2)。然而,在低BTK表达组中，只有少数基因组富集(图7D和补充表2)。这些结果表明，BTK可能是TME状态的潜在指标。 图7| BTK高表达和低表达的样品|GSEA(A)高BTK表达样本贺曼采集的富集基因集。每条线代表一个具有独特颜色的特定基因集，上调的基因位于左边接近坐标原点的位置，下调的基因位于x轴的右边。只有NOM p &lt基因集0.05和FDR q <0.06被认为显著。而且只有几个主要的基因集显示在该图谱中。(B) BTK低表达的样本在HALLMARK的富集基因集。(C) BTK高表达样本在C7收集的免疫基因集中富集。图中只显示了几个主要的基因集。(D) BTK低表达富集C7基因集。 BTK与抽搐比例的相关性        进一步证实对表达与免疫微环境,杀人案的相关性tumorinfiltrating免疫子集的比例进行了分析使用CIBERSORT算法,和21种免疫细胞在LUAD样本构造(图8)。结果的差异和相关性分析表明,总共有八种抽搐与BTK的表达(图9中,补充图1,表3和补充)。其中,5种TICs与BTK表达呈正相关，包括b细胞记忆、CD8+ T细胞、单核细胞、静止树突状细胞和静止肥大细胞;三种tic与BTK表达呈负相关，分别为活化的NK细胞、巨噬细胞M0和活化的肥大细胞。这些结果进一步证实了BTK水平影响TME的免疫活性。 图8|肿瘤标本|TIC剖面及相关分析(A)显示21种TICs在LUAD肿瘤样本中所占比例的Barplot。plot的列名为sample ID。(B)表示21种TICs相关性的Heatmap和每个小方框中表示两种cell相关性p值的数值。每个小彩盒的色度表示两个细胞之间对应的相关值，Pearson系数进行显著性检验。  图9 |TICs比例与BTK表达的相关性         在本研究中，我们试图从TCGA数据库中识别与tme相关的基因，这些基因有助于LUAD患者的生存和TNM分期的分类。BTK被证实参与免疫活动。重要的是，一系列生物信息学分析表明BTK可能是LUAD患者TME状态的一个指标。TME在肿瘤发生的起始和进展中起着重要的作用。探索TME重构的潜在治疗靶点，促进TME从肿瘤友好型向肿瘤抑制型转变，具有重要意义。大量的研究已经阐明了免疫微环境在肿瘤发生中的重要性。我们对TCGA数据库中LUAD数据的转录组分析结果表明，TME中的免疫成分对患者的预后有影响。特别是TME中免疫和基质成分的比例与LUAD的进展如侵袭和转移显著相关。这些结果突出了探索肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的重要性，为开发更有效的治疗方案提供了新的见解。         以上就是我们向大家分享的关于TCGA数据挖掘研究的全部内容，感兴趣的学员可以在网上搜索相关的文献查看或是关注我们的微信公众号，我们会定期为大家挑选一些不错的文献进行分享，希望各位学员能有所收获。 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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