蛋白互作网络

时间:2020-08-09  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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蛋白互作网络 这一次我们要为大家介绍蛋白互作网络，在我们找到了差异基因之后，我们想看一下这些差异基因之间是否具有蛋白互作的关系，这样我们可以通过构建这样的蛋白互作网络来查看。 下面是我们蛋白互作网络的网络图，从这个图我们可以看到，这写结点代表的是基因或者蛋白，如果两个结点之间有连线，就说明这两个基因或者蛋白之间有蛋白互作的关系。 下面我们制作这样一个蛋白互作网络图 要做这样一个图形，我们先要准备一个输入文件，就是我们差异基因的交集文件，这在我们之前的文章中有得到。 准备好文件后，我们打开浏览器搜索string ppi，进入制作蛋白互作网络的官网。 进入主页后，点击左边第三个按钮，之后将交集文件中的基因名拷贝到右边的方框内。 在选择物种的时候，我们要选择人为研究对象。 最后点击搜索，就会得到很多的搜索结果，等页面加载完成，我们直接移动到页面的最下方，那里有个继续的按钮，出现了这个按钮，就说明所有的数据以及加载完成，我们点击这个按钮。就会得到构建好的蛋白互作网络。 但是由于这样构建出来的蛋白互作网络太过庞大，不方便分析，所以我们需要设置过滤条件。我们在settings里面设置打分，比如我们设置打分为0.95. 之后我们要设置现实隐藏结点，并且删除游离的结点，这样我们点击更新后，就可以得到一个更清楚的蛋白互作网络图。 之后我们只要将这个图形下载下来即可，这就是构建蛋白互作网络的过程，感兴趣的学员可以关注我们获取更多生信咨询。 课程链接： 《TCGA数据库肿瘤微环境视频》 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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