Cytoscape输入文件的准备和可视化

Cytoscape输入文件的准备
在这之前，我们已经对差异的基因构建了蛋白互作网络，接下来我们希望使用Cytoscape对这个网络进行可视化。在做可视化之前，我们需要准备两个输入文件，一个是Network.txt，另外一个就是Node.txt，我们先看一下这两个输入文件。首先看一下Network.txt，这个文件有三列，第一列是基因的名称，第二列也是基因的名称，如果这两个基因出现在同一行的话，就说明这两个基因之间存在着蛋白互作的关系。另外一个就是Node.txt，Node.txt里面，它记录了这个基因在我们差异分析的时候，它是上调基因还是下调基因。如果它是上调基因的话，那他的属性就标为up，如果他是下调基因的话。这里的属性就标为down。
 
所以我们需要这两个文件，有了这两个文件，我们就可以使用Cytoscape对我们的蛋白互作网络进行可视化，接下来我们要准备输入文件，我要用到蛋白互网络的关系表格，这是我们在做蛋白互作网络图是在网站上下载的表格，在这个文件里面，我们需要用到其中的第一列和第二列，另外我们还需要交集基因的表格文件，里面记录了每个基因的logFC。


有了这两个文件，我们就可以得到Network.txt和Node.txt，这里，我们要用到一个pl脚本文件，用perl运行脚本文件，等待运行结束后，我们就可以得到做可视化需要的输入文件了。

Cytoscape可视化
得到输入文件后，我们就要通过Cytoscape软件对我们的蛋白互作网络进行可视化，得到如下的可视化的图形。在这个图形里面，这个节点代表的是基因，红色的节点代表的是上调的基因，绿色的节点代表的是下调的基因，如果两个节点之间有连线，就说明这两个节点之间具有蛋白互作的关系。

接下来我们打开Cytoscape软件，将Network.txt导入进去，然后选择一个我们常用的样式。


导入Network.txt后，我们再导入节点文件，改变节点的颜色，用红色表示上调的基因，绿色表示下调的基因。

最后，我们会得到这样一个图形，这个就可以作为我们最后的结果，这样我们的Cytoscape的可视化就完成了。


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