多GSEA富集图及免疫细胞浸润

时间:2020-08-16  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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多GSEA富集图及免疫细胞浸润 1、多GSEA富集图 我们上一篇文章中已经对单基因做了GSEA富集分析得到了GSEA富集分析的结果。通过GSEA富集分析，我们就可以知道我们基因它是通过什么样的功能，或者什么样的通路来影响肿瘤的发生。然后我们就可以对GSEA富集的结果的结果进行可视化,绘制多GSEA的富集图。 下面我们看一下这个图形，在这个图形里面，它的横坐标就代表的是基因，然后左侧的基因就是与我们目标基因正相关的基因。然后右侧的基因就是与我们目标基因负相关的基因，这个纵坐标是富集的打分，我们看这个图形的话主要是看这些通路的峰值，它的峰值如果出现在左侧的话，并且出现在0的上方,就说明这些通路与我们的目标基因的表达是正相关的关系，也就说基因的表达越高，这个通路越活跃。如果这个峰值它是出现在下方并且出现在这个图形的右侧，就说明这些通路跟我们基因的表达是负相关的关系. 接着我们来绘制这样一个富集图,要绘制这个图形,我们需要准备好输入文件,这时我们要打开上一篇文章我们得到的GSEA富集分析的结果文件夹,在里面找到index.html文件点击打开它,我们就会进入一个网页。 之后我们点击进入高表达组的结果的网页，我们可以在里面选择富集最显著的前十个来绘制多GSEA富集图。 我们将前十个文件下载到同一个文件夹中。 下载好了这些表格文件后，我们的输入文件就算准备好了，然后我们就可以通过R运行我们的脚本，来得到我们多GSEA富集图。 2、免疫细胞浸润 接下来我们介绍免疫细胞浸润，我们首先看一下免疫细胞浸润的目的，就是我们已经有了转录组的矩阵。然后我们可以根据免疫细胞浸润的算法得到每个样品中免疫细胞的含量，我们就可以得到这样一个表格。 在这个表格里面，他的行名就是样品的名字，他的列名就是免疫细胞的名称。然后这里面的数值就代表的是每个样品中它的免疫细胞的含量，当然这里的免疫细胞的含量它是一个相对的含量，就是每个样品中所有的免疫细胞之和是等于1的。 做免疫细胞浸润，我们要准备的输入文件是转录组的矩阵文件symbol.txt。 我们打开R先安装好这两个包，然后拷贝脚本文件到R中运行，运行完成后，我们就可以得到结果文件CIBERSORT-Results.txt，这个文件里包含了每个样品中免疫细胞的含量。 课程链接： 《TCGA数据库肿瘤微环境视频》 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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