Id转换及添加基因属性
时间:2020-09-04 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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Id转换及添加基因属性在上一篇文章中我们得到了一个样品的矩阵，有了这个矩阵以后我们就可以做接下来的分析。下一步也就是我们接下来需要讲解的，就是我们要将这个样品的id转化为基因的名字和基因的属性。 我们先看一下我们要准备的脚本和输入文件，我们要准备三个文件，其中输入文件是我们上一篇文章中得到的mRNAmatrix.txt文件，另外两个文件分别是我们写好的脚本文件和一个human.gtf的文件，这两个文件如果大家有需要购买我们的视频的话，我们会连同视频一起给大家使用，所有的脚本文件都是我们生信自学网提供编写的。我们先看一下这个human.gtf文件，这个文件里有我们样品的id，还有对应的基因的名字和基因的属性，这些就是我们需要的。    准备好这些文件后，我们就可以运行我们的脚本，我们打开cmd，用perl运行pl脚本，等待运行完成。我们最终可以得到这样一个文件：   这个文件就包含了基因名和基因的属性，通过这个文件，我们就可以知道哪些是长非编码的RNA，哪些是蛋白编码的mRNA。 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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