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TCGAmiRNA做差异表达分析

时间:2017-06-05  来源:原创   作者:BioWolf   
微信公众号:biowolf_cn   点击:次

在之前的推文我们讲解了如何从TCGA数据库下载miRNA数据，并且利用perl脚本提取miRNA的表达矩阵，这里给大家讲解如何做TCGA数据库miRNA差异表达分析，首先很容易想到，基因的差异表达分析，对，其实miRNA差异表达和TCGA数据库基因差异表达很类型。那么我们现在开始讲解TCGA数据库如何做miRNA差异表达分析。
首先我们要安装R包，如何还没有安装R软件的学员，先安装好R软件，再来安装R包。
这个是R包的命令：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")
install.packages("gplots")

安装好R包，接下来就是输入R脚本的命令，这个脚本是BioWolf培训中心专业开发的TCGA数据挖掘脚本。在设置过滤条件是，这里需要把过滤条件适当放宽，因为miRNA矩阵里面的miRNA总量不多，如果条件限制太过严格，就导致得不到差异基因了。
在R软件跑了上述脚本之后，我们就得到了差异表达的miRNA不多，这个是正常情况，需要理性看待，差异表格里面的参数也和基因差异表达时一样的。
foldChange=1
padj=0.05

setwd("目录")                  #设置工作目录
library("edgeR") 
bio=read.table("biowolf.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)  #改成自己的文件名
bio=as.matrix(bio)
rownames(bio)=bio[,1]
biowolf=bio[,2:ncol(bio)]
dimnames=list(rownames(biowolf),colnames(biowolf))
bw=matrix(as.numeric(as.matrix(biowolf)),nrow=nrow(biowolf),dimnames=dimnames)
bw=avereps(data)
bw=bw[rowMeans(bw)>0,]
...
...

TCGA数据库差异miRNA
下面是得到的火山图和热图，火山图的打点明显比差异基因少很多，因为我们火山图就是一个一个打点，然后对有上调下调的miRNA用颜色再打一次，就得到我们现在看到的火山图。
TCGA数据库差异miRNA火山图
热图的横坐标是样本，TCGA数据库下载的样本数目是很多的，有些癌症有几百个样本。纵坐标是差异的miRNA，数目不多。
差异miRNA热图
那么我们的差异miRNA就讲解完了，得到差异miRNA之后，我们就可以做后续分析，下次我们会讲解如何构建共表达网络。我们的TCGA数据库挖掘会持续更新，希望大家一如既往的关注。

(责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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