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如何绘制风险热图和风险曲线

风险热图和风险曲线

风险热图和风险曲线,是我们做生物信息分析常用的图形。除此之外还有生存状态图,这些图形在cox模型中出现的频率很高,我们去看cox相关的文章几乎都会有这些图形。 
下图便是风险曲线,风险热图和生存状态图合并的一个图形。这三天图有个共同的特点,就是它们的横坐标都是一致的,它们的横坐标其实是根据样品的风险值,由低到高排序,最终才绘制成这样的图形。
 

下面我们先讲解如果绘制风险热图


从热图中我们可以看到,随着风险值的增高,图中两个基因的表达量都降低了,也就是说这两个基因它是低风险的基因。

要绘制这样一个热图,我们要用到之前多因素cox分析后得到的包含lncRNA风险值的文件。要绘制热图,我们要用到这个文件中的风险值和风险评估(最后两列),当然我们也要用到两个lncRNA的表达量,有了这个文件和我们的脚本文件,我们就可以绘制生存热图。


通过运行我们的脚本,我们可以得到这样一个图形:

这就是我们最终要得到的风险热图的风险热图。
 

热图绘制完了,接下来绘制风险曲线图。
 
风险曲线图的话,它的横坐标也是一样的,也是将病人按照风险值由低到高进行排序,纵坐标呢就是它的风险值,所以这个纵坐标是一直往上走的。图形的中间又个中位值,区分高低风险。中位值的左边就是低风险,用绿色表示,它的右边就是高风险,用红色表示,从图中看的出它的中位值为1。
 
在临床应用的时候也是根据这个值去判断,就是在我们测了两个长非编码RNA的表达量之后,我们根据公式计算它的风险值,如果大于1的话,我们就把它划为高风险,如果小于1就划到低风险。

下面我们绘制这个图形,需要的输入文件同样是上面提到的risk.txt文件。
通过脚本,我们可以得到我们的图形。
 
至于生存状态图,我们将在下一篇文章为大家讲解,大家可以关注我们的微信公众号,获取更多生信咨询。


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