如何绘制风险热图和风险曲线

时间:2020-09-08  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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风险热图和风险曲线 风险热图和风险曲线，是我们做生物信息分析常用的图形。除此之外还有生存状态图，这些图形在cox模型中出现的频率很高，我们去看cox相关的文章几乎都会有这些图形。  下图便是风险曲线，风险热图和生存状态图合并的一个图形。这三天图有个共同的特点，就是它们的横坐标都是一致的，它们的横坐标其实是根据样品的风险值，由低到高排序，最终才绘制成这样的图形。   下面我们先讲解如果绘制风险热图 从热图中我们可以看到，随着风险值的增高，图中两个基因的表达量都降低了，也就是说这两个基因它是低风险的基因。 要绘制这样一个热图，我们要用到之前多因素cox分析后得到的包含lncRNA风险值的文件。要绘制热图，我们要用到这个文件中的风险值和风险评估（最后两列），当然我们也要用到两个lncRNA的表达量，有了这个文件和我们的脚本文件，我们就可以绘制生存热图。 通过运行我们的脚本，我们可以得到这样一个图形： 这就是我们最终要得到的风险热图的风险热图。   热图绘制完了，接下来绘制风险曲线图。   风险曲线图的话，它的横坐标也是一样的，也是将病人按照风险值由低到高进行排序，纵坐标呢就是它的风险值，所以这个纵坐标是一直往上走的。图形的中间又个中位值，区分高低风险。中位值的左边就是低风险，用绿色表示，它的右边就是高风险，用红色表示，从图中看的出它的中位值为1。   在临床应用的时候也是根据这个值去判断，就是在我们测了两个长非编码RNA的表达量之后，我们根据公式计算它的风险值，如果大于1的话，我们就把它划为高风险，如果小于1就划到低风险。 下面我们绘制这个图形，需要的输入文件同样是上面提到的risk.txt文件。 通过脚本，我们可以得到我们的图形。   至于生存状态图，我们将在下一篇文章为大家讲解，大家可以关注我们的微信公众号，获取更多生信咨询。 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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