GO功能富集分析

时间:2020-09-10  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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GO功能富集分析 这一篇文章我们就要向大家讲解GO的功能富集分析，在进行GO功能富集分析之前，我们先要对前面得到的靶基因的名字进行id的转换。 我们把我们上一篇文章中筛选好的一个共表达结果文件打开，将其中的基因名字以及cor值拷贝出来，放到一个txt文件中。 拷贝完成后，我们就可以通过事先准备好的R语言脚本对symbol.txt文件进行id的转换。最后我们就可以得到转换后的文件。 接下来就可以进行我们GO的功能富集分析了 我们先来看一下GO富集分析的结果，通过富集分析，我们可以得到这样的两个图形   这两个图形一个是柱状图，另外一个气泡图，这个柱状图和气泡图很相似，我们先看一下柱状图，它的横坐标是富集在每个功能上基因的数目，纵坐标是功能的名称。像这个柱状图的话，这里不同的颜色代表不同的富集的程度，颜色越红的话富集程度越高。 再看一下这个气泡图，同样这个气泡图也是如此，颜色代表着富集程度，只不过它相对于柱状图来说多了一个基因的比例，这里每个功能上基因的数目除以总的基因的数目会得到的一个比例，横坐标就显示了基因的比例。   然后我们来绘制这样两个图形，通过我们id转换后得到的文件和脚本文件。打开R运行脚本文件，我们就可以得到着两个图形，同时还有一个GO富集的结果文件。 但是得到的结果文件里面包含的是基因的id，这样可读性很差，所以我们可以通过一个pl脚本将基因的id转换成名字，这样得到的结果文件可读性就很高，可以用于发表文章。 就此GO的功能富集分析就完成了 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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