TCGA转录组数据下载与整理

时间:2020-09-13  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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TCGA转录组数据下载与整理 在做免疫基因对的TCGA联合GEO挖掘之前，我们先要下载转录组的数据，我们推荐是使用官网进行下载。我们首先打开浏览器，然后在搜索框里面搜索TCGA gdc，然后进入下载数据的界面。 我们进入了界面后，我们要做的第一步就是看我们这个Cart购物车是否为零，如果Cart不为零的话，我们需要把它里面的数据删掉。然后点击Repository进入数据下载界面，接着我们选择我们的疾病类型，比如说我们现在要做胃癌的，我们就选择胃组织，然后选择项目、类型、性别等，这个可以根据自己的需求进行选择下载。 选择好要研究的类型后，接下来我们要选择文件的类型，我们要下载转录组的数据，所以我们选上转录组数据，选择基因的表达量等，然后就可以把选择好后的数据加入到Cart里面下载。我们需要下载几个数据，分别是manifest文件、Cart文件和metadata文件。这样我们的转录组数据就下载好了。 我们下载好了数据后，我们的每个样品都是一个文件，我们需要把它整理成如下的矩阵，这个矩阵的话行名是ID，列名是样品名。同时我们在整理的时候也会把正常样品放前面，把肿瘤样品放后面，方便我们后续的分析。 下面我们就对我们下载的数据进行整理，我们需要准备的文件有我们下载好的打包文件和metadata文件，还有我们整理要用的脚本pl文件，我们先将安装包文件解压，然后我们将moveFiles.pl脚本拷贝到解压后的文件夹中，用perl运行该脚本文件，这样我们就可以将每个目录下的文件全部放入同一个目录下。 之后我们解压文件里所有的压缩包，等到解压后的文件，接着利用merge.pl脚本将所有的文件进行合并，得到合并后的文件 视频购买链接： 《免疫基因对文章套路视频》 精品课程推荐： 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《甲基化肿瘤分型文章套路视频》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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