提取TCGA免疫基因表达

时间:2020-09-21  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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提取TCGA免疫基因表达 这一篇文章我们讲解如何从IMMPORT这个数据库里面获得免疫相关的基因列表。得到了免疫相关的基因列表之后我们再从转录组的矩阵里面提取免疫基因的表达量。 我们先看一下怎么从这个数据库里面获取免疫相关的基因列表，我们首先打开浏览器，通过网址https://www.immport.org/home，我们就进入到了immport数据库的主页。进入这个数据库之后，我们点击resource这个按钮，就会进入到我们的一些资源列表界面，我们从这个列表里面可以找到我们需要的内容。 在列表里面，我们要找到与免疫相关的基因列表，然后我们点击进入，进去之后，我们就可以下载基因的列表。 如下就是下载好的基因列表： 第一列是免疫基因的名称，然后是它的id及全称，接下来就是它的一些别名还是它所在的染色体以及它的功能的属性。 得到免疫基因的列表之后，我们就可以对它进行分析，我们要用到的除了基因列表的文件，还有就是转录组的矩阵，这在之前转录组的下载中已经得到。 在做免疫基因表达的提取之前，我们要将我们下载好的免疫基因的列表中的基因名单独拿出来放在一个gene.txt文件中。然后我们就可以通过R（R的下载在我以前发布的文章中已有介绍，这里就不在赘述）运行我们的脚本。 脚本运行完后，我们会得到一个文件，这个就是免疫基因的表达矩阵。 视频购买链接： 《免疫基因对文章套路视频》 精品课程推荐： 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《甲基化肿瘤分型文章套路视频》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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