预后免疫基因对的筛选和模型的构建

时间:2020-09-24  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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预后免疫基因对的筛选和模型的构建 筛选预后免疫基因对 我们将免疫基因对生生存数据合并之后，我们就可以找出哪些免疫基因对和生存是相关的，下面是对免疫基因对进行筛选后得到的表格 在这个表格里面它的第一列就是免疫基因对的名称，第二列是HR值，HR值如果大于1的话就说明这个基因对是高风险的免疫基因对，如果小于1的话就说明这个免疫基因对是低风险的免疫基因对。最后一列是P值，如果P值小于0.05的话就说明这个免疫基因对和生存是相关的。 下面具体操作 输入文件的话我们需要用到TCGA免疫基因对和生存时间合并后的文件。 其中包含免疫基因对的名称，生存时间，生存状态和免疫基因对的状态，及表达量的比较，   然后是脚本文件，配置好脚本的工作路径后，可以在R中运行，等待运行完成后，我们就可以得到两个输出文件。一个是我们前面介绍的筛选后的表格文件，另一个是跟我们预后显著相关的免疫基因对，用于接下来构建预后相关的模型。   预后模型构建 得到预后相关的免疫基因对之后，下面我们就可以构建预后模型，通过下面这个过程来构建预后模型   左边的两列一列是免疫基因对，一列是系数，我们用免疫基因对乘以它的系数，然后累加起来。这就是预后模型构建的公式，这样我们就可以计算每个病人的风险值，最终就会得到TCGA和GEO病人的风险值文件。   然后也可以绘制出ROC曲线，根据绘制出ROC曲线，我们可以找到最优的cutoff（下图），根据最优cutoff将病人的风险值划分为高低两组。 这个图形的横坐标是假阳性率，纵坐标是真阳性率。 视频购买链接： 《免疫基因对文章套路视频》 精品课程推荐： 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《甲基化肿瘤分型文章套路视频》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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