生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

那么我们来看看甲基化和甲基化表达联合分析：
一、数据下载
从TCGA数据库下载甲基化数据，按照一定的条件筛选需要的样本数据。同时整理临床数据。购买课程：《TCGA甲基化基础课程》

二、甲基化驱动基因
1、使用R包比较所有癌症组织及正常组织，使用一定的过滤条件，寻找所有的高甲基化及低甲基化的基因，并对hypermethylated及hypomethylated基因绘制图形。购买课程：《TCGA甲基化驱动基因》


2、对差异甲基化的基因，计算基因甲基化程度和基因表达的相关性，得到相关性检验的结果。


3、绘制热图

三、生存分析
使用survival R包对差异基因分别做生存分析，采用log-rank方法，使用一定的筛选条件，得到与生存相关的基因。

四、GO富集分析

五、KEGG富集分析

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