m6A RNA甲基化生物信息学挖掘思路
时间:2019-07-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
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m6A RNA甲基化生信挖掘思路
近年来，科学家们首次发现了一种可逆的RNA甲基化—m6A，即RNA分子腺嘌呤第6位氮原子发生甲基化修饰（N6-methyladenosine，m6A）。研究发现，m6A是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰，m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。 整体研究思路 关于m6A甲基化的研究，目前有多种思路可供选择。下面提供的思路供大家参考，但是针对所提的研究方法可以根据自身实验设计进行延伸和拓展。 一、老数据二次挖掘 先从原有的表达谱芯片数据或转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶； 对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进行qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变； 二、研究甲基化修饰差异基因 直接进行m6A-seq和转录组测序，找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、WB等方法验证，此外找到m6A有差异的基因； 三、有没有不做实验，直接做分析做m6A分析的生信套路呢？ 答案是肯定的，生信自学网经过2个月的开发，研究了一套m6A RNA甲基化分析的思路，而且是参考一篇5分论文，数据来源TCGA数据库，希望对大家有帮助，课程即将发布，敬请关注。  分析思路： 分析方法： 1、TCGA官网下载表达数据、临床数据；数据整理，临床提取；  2、m6A相关基因表达，差异分析得到差异结果，绘制m6A相关基因热图、小提琴图；  3、肿瘤分型subtype，也是本课程最重要的内容，当然也是当前生信挖掘的的重点内容，根据m6A相关基因表达量，把肿瘤样本进行分型、聚类，可以做主成分分析，生存分析，临床相关性分析；  4、接下来构建风险模型，首先做单基因COX分析，找到和预后相关的基因，然后做Lasso回归构建模型，风险生存分析、ROC曲线。  5、风险与临床相关性的热图  6、独立预后分析  生信自学网精心录制的《m6A RNA甲基化5分文章套路视频(肿瘤分型/RNA修饰)》即将上线，敬请关注，谢谢！ 生信自学网为您推荐： 1、GEO基础课程 2、TCGA基础课程差异分析生存分析 3、TCGA免疫浸润模式挖掘 4、GO富集分析 5、单基因发文套路挖掘基于TCGA 6、R绘图脚本 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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