运行生信自学网perl脚本报错merge.pl或者singleGene
时间:2020-04-08 来源:生信自学网 作者:乐伟
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
TCGA数据库是当前研究的热点，对于没有接触过这个数据的学员来说，提取和整理数据又是一个比较难的问题，当然也有很多数据库提供整理好的数据，但是毕竟绝大部分整合网站无法做到即使更新，这就需要我们从TCGA官网下载和整理数据，这样才是最可靠的。 生信自学网为广大学员录制了一系列TCGA挖掘的课程，希望对大家学习有所帮助，在实际学习过程中，做到merge这一步时，有些学员经常遇到提取时报错或者提取的样本都为0的问题，遇到这样的问题，需要从一下几方面查找原因： 1、命令输错了，我们来看下这一步的操作命令：perl merge.pl metadata.cart.2020-04-08.json   2、下载的数据是否已经解压，在运行生信自学网merge.pl时，下载每个样本的每个文件首先需要整合到一个文件夹，然后再解压，最后才是merge   3、很多学员在下载数据时，没有下载最新的metadata文件，而是用课程资料的metadata文件，因为每个肿瘤的样本名和文件名是不同的，而metadata.cart.2020-04-08.json就是保存每个样本名和文件名的，如果不是对应的，当然运行出来就是0   4、这个问题也比较常见，就是学员电脑没有按照perl软件，这样的话，是无法运行pl脚本的，所以要线安装好perl软件，检查是否安装的办法，在cmd终端输入：perl -v，就可以查看是否安装和已经按照的perl版本，建议按照最新版草莓版perl  5、如果检查以上问题都没有，那还有一个原因可能是从非官方获取获取的代码，非正规渠道获取的代码是运行不出来的，如果是这样可以联系微信：18520221056，购买课程或者支付咨询费解答问题，购买课程提供课程答疑  精品课程推荐： 《TCGA数据库TMB联合免疫细胞浸润》 《TCGA免疫相关基因预后模型》 《TCGA免疫相关lncRNA预后模型》 《免疫基因对文章套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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