免疫细胞可视化与差异分析

时间:2020-08-16  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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免疫细胞可视化与差异分析 免疫细胞可视化 我们已经得到了每个样品中免疫细胞的含量，接下来我们就可以对这个免疫细胞浸润的结果进行可视化。 首先我们会做这样的柱状图。在这个柱状图的里面，它的横坐标是样品的名字，纵坐标是免疫细胞的含量。不同的免疫细胞我们用不同的颜色表示，通过这个柱状图，我们就可以很直观的看出每个样品中它的免疫细胞的含量。 接下来我们还可以画这样的免疫相关性的图形，在这个免疫相关性的图形里面，左边和上面都是免疫细胞的名称。图中的圆圈代表相关性，这个对角线就是每个免疫细胞自己和自己比，它的相关性是最强的，所以这里的蓝色是最深的。所以这个蓝色代表的是正相关，红色代表的是负相关。蓝色越深的话就说明两个免疫细胞之间正相关越强，红色越深的话就说明两个免疫细胞之间的负相关越强。 看懂这两个图形后，我们接下来来绘制这样两个图形，首先我们要准备我们的输入文件，就是我们上一节得到的免疫细胞浸润的结果文件。还有我们准备好的脚本文件。 我们打开R将脚本文件拷贝到R中运行，这样我们就可以得到我们的结果图。 免疫细胞差异分析 对免疫细胞的差异分析，我们使用两种方法。一种是差异的方法，就是根据我们目标基因的表达量，将病人分成高低表达两组，然后比较哪些免疫细胞，它在高低表达组里面是具有差异的，这就是差异的方法。另外一种就是相关性检验的方法，就是看我们免疫细胞的含量跟我们基因的表达是否具有相关性，我们做一个相关性的检验，如果相关性检验的P值小于0.05。就说明我们这个免疫细胞跟我们的目标基因，它是具有相关性的。 我们现在看一下第一种方法，第一种方法的话就是根据我们目标基因的表达量将我们的病人分成高低表达两组。然后低表达组用绿色表示，高表达组用红色表示，然后我们比较一下，哪些免疫细胞在这个高低表达组里面是具有差异的，我们就可以得到如下小提琴图。 在这个图形里面，它的横坐标就是免疫细胞的名称，纵坐标就是免疫细胞的含量，然后每个免疫细胞都会出现两个小提琴图，绿色是基因的低表达组，红色是基因的高表达组，然后我们就可以看一下我们的免疫细胞在高低表达组里面它是否具有差异。如果P值小于0.05，就说明这个免疫细胞在高低表达组里面是具有差异的。也就是说，这个免疫细胞的含量跟这个基因的表达是具有相关性的。 下面我们就来绘制这样的小提琴图，我们准备的输入文件首先是基因的表达文件，因为我们要根据基因对我们的样品分组，分成高低表达两组，然后我们还需要免疫细胞浸润的结果文件。 准备好两个文件后，我们拷贝我们的脚本文件到R中运行，然后我们就会得到一个小提琴图，还有一个表格文件，这个表格文件只有两列，第一列是免疫细胞的名称，第二列就是Pvalue，可以用做后续的分析。 课程链接： 《TCGA数据库肿瘤微环境视频》 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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