免疫细胞相关性检验

时间:2020-08-17  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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免疫细胞相关性检验 上一篇文章我们向大家介绍了免疫相关性分析的第一种方法，这一次我们要讲解免疫细胞相关性分析的第二种方法，也就是相关性检验的方法。 相关性检验的方法就是将我们基因的表达量跟免疫细胞的含量进行相关性的检验，如果相关性检验的P值小于0.05，就说明我们目标基因的表达，跟免疫细胞的含量，是具有相关性的。通过相关性的检验，我们可以得到这样的图形。   在这个图形里面，它的横坐标是基因的名称，它的纵坐标就是免疫细胞的名称。这里面的点就代表每个样品，然后每个样品他都有基因的表达量，也有免疫细胞的含量。通过这些点我们就可以模拟出这样一个阶段，如果从左到右这个线段是往上走的，就说明我们这个基因的表达和这个免疫细胞的含量，它们是正相关的关系，如果从左到右它是往下走的，就说明这个免疫细胞的含量跟基因的表达是负相关的关系。 当然我们也可以通过这个相关系数，还有它的Pvalue，也可以看出他们正负相关的关系，如果P小于0.05，就说明这个基因和免疫细胞之间是具有相关性的。如果大于0.05，就说明他们之间是没有相关性的， 右边这个图的话，他的解释也是完全一样的，是我们的基因跟另外一个免疫细胞它的相关性的结果。 具体实现： 做免疫相关性分析前，我们先要准备输入文件，它的输入文件和上一篇我们提到的输入文件是一样的，就是基因的表达矩阵文件和免疫细胞浸润的结果文件，还有相关性分析的脚本。 准备好了这些文件后，接下来我们要做的就是将我们事先准备好的脚本文件拷贝到R中运行，等待运行完成，我们就可以得到相关性检验的结果文件，还有一些结果图片。这样相关性分析的第二种方法就介绍完了。 基因相关的免疫细胞 我们使用了两种不同的方法，找到了跟我们目标基因具有相关性的免疫细胞。根据差异的方法，我们是找到5个相关的免疫细胞。然后根据相关性的方法，我们找到了9个相关的免疫细胞，然后对两者取交集，我们就可以得到最终的基因相关的免疫细胞，共有4个基因相关的免疫细胞。通过这样取交集的方法得到的免疫细胞就更准确，所以我们让他们交集在一下，来得到最终的相关性的免疫细胞。   我们要准备两种方法得到的结果文件，一个是差异方法的结果文件，一个是相关性检验的结果文件。 有了这两个结果文件后，我们再利用我们的脚本文件，就可以得到一个韦恩图和一个基因相关的免疫细胞的文件，里面就有着取交集后的四个免疫细胞。 课程链接： 《TCGA数据库肿瘤微环境视频》 精品课程推荐： 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 《GEO数据库免疫细胞浸润视频》 《甲基化免疫细胞浸润模式》 《TCGA数据库肿瘤微环境》 《TCGA数据库肿瘤突变负荷》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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