lncRNA差异表达及热图的绘制

时间:2020-09-05  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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lncRNA差异表达及热图的绘制 差异分析 在上一篇我们得到了基因名字和基因属性的矩阵，然后我们就可以利用该矩阵做差异表达。 我们要准备好做差异表达的脚本和得到的矩阵文件。因为这个脚本是R语言的脚本，所以我们要事先在电脑上下载R，具体下载过程在之前的文章中已经介绍过了，大家可以翻看之前的文章或者在网上寻找相关教程参照下载。这里就不具体介绍了。 下载好R后，打开R，在运行脚本之前，我们需要安装一个edgeR包，下载代码如下： 我们要将这串代码复制到R中运行，等待其安装成功，之后就可以将我们事先准备好的脚本文件拷贝到R中运行。 运行完成后，我们会得到很多和输出文件。 其中diff.xls文件包含所有基因的差异情况，heatmap.txt里面有所有差异基因校正后的表达量。 lncRNA_diff.xls里面是长非编码RNA差异表达的情况，lncRNA_heatmap.txt文件是长非编码RNA校正后的表达量。 接着normalizeExp.txt是所以基因校正后的表达量，protein_diff.xls和protein_heatmap.txt是mRNA的差异表达情况和校正后的表达量。 最后一个就是基因的火山图。 绘制热图 在得到这些文件后，我们就可以利用这些差异表达后的文件来绘制热图。就拿长非编码RNA来说，我们将长非编码RNA校正后的表达量文件连同绘制热图需要的脚本文件放在同一个文件夹中，设置到脚本文件的工作路径，将脚本文件拷贝到R中运行。 之后我们就会得到长非编码RNA差异表达的热图。 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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