提取生存时间并与表达量合并
时间:2020-09-05 来源:生信自学网 作者:刘鑫
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提取生存时间并与表达量合并做完差异表达以后，我们就要开始做生存分析，在做生存分析前，我们需要先知道每个病人的生存时间和生存状态，所以我们首先要获得病人的生存时间和生存状态。我们要用到从TCGA上下载的clinical.cart.2019-07-07.json文件。里面有病人的id，病人的生存时间和生存状态等信息，我们就需要将这些信息从文件中提取出来。   脚本文件的话我们已经事先准备好了，通过命令行运行pl脚本，我们会得到这样一个文件，里面就包含了病人的id、生存时间和生存状态，其中生存状态0表示病人还存活，1表示病人已经死亡。  我们先要将长非编码RNA的表达量文件和提取生存时间后的文件放在一个文件夹中，连同我们合并用的脚本文件，该文件由我们生信自学网编写，感兴趣的学员可以通过下方链接购买我们的课程。   通过perl运行脚本后，我们会得到一个文件，第一列是基因的id，第二列是生存时间，第三列是生存状态，后面是样品的表达量。这样我们做后续分析的文件就准备好了。  课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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