提取单因素显著的lncRNA

时间:2020-09-06  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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提取单因素显著的lncRNA 单因素cox分析 上一篇我们通过脚本对所以基因批量的做了生存分析，接下来我们就要同通过单因素的cox分析得到跟生存相关的一些长非编码RNA，然后对其P值进行排序，选出满足条件的一些长非编码RNA来构建模型。 在构建模型的时候，我们也会采用一些方法，去除基因直接的重复性，比如两个基因如果具有共表达的关系，那这样的基因我们就去除掉。 我们首先要进行的单因素的cox分析，在cox分析结束后，我们会得到这样一个表格，这个表格的第一列是长非编码RNA的长非编码RNA的名字，第二列是HR风险值，如果大于1的话就是高风险的lncRNA，小于1的话就是低风险的lncRNA，通过第三列的z值我们可以得到第四列的Pvalue。 下面我们看一下做单因素分析需要的输入文件 着个文件中就包含样品的id，生存时间，生存状态和长非编码RNA的表达量。有了这些数据，我们就可以做cox分析。 再将我们事先准备好的脚本拷贝到R中运行后，我们会得到一个表格，这就是单因素cox分析后的结果。 提取显著的lncRNA 得到单因素cox分析的结果后，我们要提取出其中显著的长非编码RNA，所以我们要通过脚本，将结果文件的显著RNA找到并在lncRNA的表达量文件中将这些RNA的具体数据提取出来单独放入一个文件中。 我们先在cox分析的表格中通过排序找到p值最高的基因，将基因命拿出来放在一个新的文件夹中，这里我们就找出了7个P值最高的基因。 要提取这些基因数据，我们要用到我们事先写好的pl脚本文件，并通过命令行运行pl脚本，运行结束后，我们就得到了七个长非编码RNA的表达量文件，这样我们就可以做后续的多因素的cox分析 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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