lncRNA风险生存曲线

时间:2020-09-07  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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lncRNA风险生存曲线         通过多因素的cox分析，我们得到了一个多因素的模型，得到这个模型以后，我们就可以计算每个病人的风险值，有了这个风险值，我们就可以得到风险值的中位值。根据这个风险的中位值，我们可以将病人分为两组，一组是高风险组，另外一组是低风险组，然后我们可以计算高低风险组的一个生存差异，这样我们可以绘制生存曲线图。         我们可以先来看一下这个生存曲线，它的横坐标是生存时间，纵坐标是生存率，随着时间的推移，这个病人的生存率肯定是下降的。然后我们可以看一下这两条曲线，这个蓝色的是低风险的曲线，然后这个红色的是高风险的一个曲线，那么这两条曲线它的生存率是否有差异？我们就可以根据P值来判断，如果P小于0.05，就说明这个高低风险组，他们的生存率是有差异的，所以我们这两条生存曲线，他们的差异非常显著。   那么我们构建好了这个模型在临床上有什么应用呢？         在临床上应用的话，比如说来了一个病人，我们可以检测一下他的这两个长非编码RNA的表达量（如图二），检测好了之后，我们可以根据公式计算它的打分。计算好了打分以后，我们可以根据这个高低风险的一个中位值，就可以知道这个病人是高风险还是低风险，如果这个病人是高风险，那么通过上面的曲线就可以得知这个病人三年的生存率只有18%左右，五年的生存率就只有10%左右，所以这样的话我们就可以预测这个病人的生存率。这就是这个生存曲线在临床上的应用。           下面我们就来绘制这样一个生存曲线，我们要用的是多因素cox分析得到的包含风险值的文件risk.txt，这个文件内容从左往右依次是病人的id，生存时间，生存状态，两个长非编码RNA的表达量，风险值，风险值的评估。         除了这个文件以外，我们还需要绘制生存曲线图的脚本，脚本的话是由我们生信自学网提供，如果大家感兴趣或是有需要的话，可以通过下方的链接购买我们的课程进行学习，如果大家有什么问题的话，也可以关注我们的微信公众号，我们会为大家解答一些问题。         通过R运行我们的脚本，等待运行完成之后，我们就可以得到绘制到的生存曲线图形了。 课程链接： TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频 相关课程： 长非编码RNA芯片数据挖掘视频 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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