实战进入TCGA数据库癌症大数据时代
时间:2017-06-05 来源:原创 作者:BioWolf
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| TCGA数据库一下子火起来了，写个论文，做个报告，你不学点TCGA，不扯上点TCGA，貌似立马矮了一截。那么对于初学者，如何去了解这样一个数据库，如何利用有限的资源去学习利用TCGA数据库，相信很多同学都想找到这些问题的答案。 通俗一点说，TCGA数据库就是癌症数据库，所以分析癌症相关才会用到这个高大上的数据库，其他方向研究的可以飘过。紧紧说癌症数据库，未免太低估了，TCGA数据库可是美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱。这个数据库有一个远大的使命：提高人们对癌症发病分子基础的科学认识及提高我们诊断、治疗和预防癌症的能力。TCGA的目标也非常明确，完成一套完整的与所有癌症基因组改变相关的“图谱”。  不得不佩服国外政府对科研的支持，最关键的一点，这个数据库对全球科研工作者开放，这是一个令人鼓舞的消息，改版之前，只对注册用户开放一部分数据，2016年底的这次改版，给所有TCGA研究者带来了福音，大部分癌症数据免费开放给所有用户。 作为一个外文网站，界面虽然非常友好，但庞大的数据量，复杂的分类，也让很多初学者倍感压力。  TCGA的数据主要包括基因的测序数据、DNA Copy Number数据、甲基化数据、转录组的数据、miRNA的数据，还有一个非常重要的就是临床数据。这些数据都可以用来做什么呢？基因的测序数据可以得到基因的突变；DNA Copy Number数据可以看出那些片段的拷贝数多了或者少了；甲基化数据可以找出差异的甲基化位点，差异的甲基化区域；转录组的数据可以知道哪些基因高表达了，哪些基因低表达了；miRNA的数据可以找出具有差异的miRNA，找出和癌症相关的miRNA。临床数据对我们的研究非常重要，因为基因的数据只是从基因的层面进行分析，有了临床数据之后，就可以把基因的数据和临床数据联合起来分析，比如我们希望知道某个基因的突变是否对临床的生存期具有影响，就可以把突变数据和临床数据结合起来进行分析；在比如希望知道某个基因的表达对病人的预后是否具有影响，也可以将转录组的数据和临床数据结合起来，看某个基因的表达对病人的预后具有影响。当然基因组的数据和分子水平的数据也可以联合分析，比如说基因的表达数据可以和miRNA表达数据联合起来，可以看出在某个癌症哪些miRNA会调控基因的表达；再比如甲基化和基因联合起来，可以看出甲基化对基因表达的影响。  当前以TCGA数据库发表的文章特别，就是因为TCGA数据非常全面，而且样本量大。我们将持续给大家更新TCGA实战经验，谢谢大家一如既往的支持。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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