免疫基因对id的转换及临床数据的下载

通过我们前面数据的整理，我们得到一个行名为id列名为样品名的矩阵，接下来我们需要对这个矩阵进行转换，得到一个行名为基因的名称，列名为样品名的一个矩阵。
我们在发表文章的时候，我们用这个id去发表文章的不多，我们大多数文章是用基因的名字来去做后续的分析，然后发表相应的文章。

下面我们看一下，怎么进行id的转换。我们要准备的输入文件是我们之前得到的mRNA的矩阵文件，还有一个人的配置文件以及我们的脚本文件，我们将这些文件准备好后，就可以进行id的转换。

用pl运行我们的脚本，我们就会得到id转换后新的一个矩阵，可以用做后续的分析。

临床数据下载
前面我们讲解了转录组的数据下载和整理，接下来我们要对临床数据进行下载，同样的，我们要进入TCGA gdc官网，清空Cart，点击Repository进入数据下载界面。选择好疾病类型、项目等.
接着在文件类型里面选择临床数据，选择xml格式，最后添加到Cart中进行下载，这里我们只需要下载Cart一个文件即可。下载好后，我们的临床数据文件就准备好了。

这就是下载好的压缩包，解压后就是每个样品的文件。

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免疫基因对id的转换及临床数据的下载

时间:2020-09-15 来源:生信自学网 作者:刘鑫 微信公众号:biowolf_cn 点击:次

免疫基因对id的转换及临床数据的下载

时间:2020-09-15 来源:生信自学网作者:刘鑫
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