GEO数据库免疫基因表达量的提取

时间:2020-09-22  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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GEO数据库免疫基因表达量的提取 在上一篇文章中我们得到了GEO数据库的表达矩阵，接下来我们要做的就是从这个GEO的表达矩阵里面，把免疫基因的表达量提取出来。 提取出来GEO的免疫矩阵之后，我们还要将GEO的免疫基因和TCGA的免疫基因进行取交集的操作，因为我们后期要做模型的验证，所以我们构建模型的基因必须同时存在于两个数据库。 通过TCGA数据库提取免疫基因的表达量，我们就可以得到这样一个表格：   这个表格行名是基因的名称，当然这里的基因是我们的免疫基因，同时它也是和我们TCGA数据库具有交集的免疫基因。然后它的列名就是样品名称，这里面的数值就是免疫基因在我们各个样品里面的表达量。   下面我们看一下具体的操作   1、首先我们要准备我们的输入文件，我们需要用到两个输入文件，一个是GEO的表达矩阵geoMatrix.txt文件，另一个是TCGA免疫基因的表达矩阵tcgaImmuneExp.txt。我们要在geoMatrix.txt文件中把免疫相关的基因提取出来，再和tcgaImmuneExp.txt里的基因进行取交集。   2、通过我们事先准备好的脚本文件，用R软件运行便可，脚本文件由我们生信自学网提供，大家可以购买课程获得脚本。在运行脚本之前还要导入limma包，代码如下 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))     install.packages("BiocManager") BiocManager::install("limma")   3、运行完成后，我们会得到两个文件，这两个文件对比我们可以发现，这两个文件的基因名完全一致，这就是两个文件取交集后得到的基因。   这样我们GEO提取免疫基因的表达量的操作就完成了。 视频购买链接： 《免疫基因对文章套路视频》 精品课程推荐： 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《甲基化肿瘤分型文章套路视频》 《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式挖掘》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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