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Affymetrix芯片数据上传流程：

1. 登录/注册NCBI和GEO 账号

2. 下载表格并填写

点击New Submission后，得到如下界面，大家只需要关注红色框标记出的两部分，其它与Affymetrix芯片数据上传没有直接关系。若已经了解数据上传方法，可直接点击Affymetrix进入；若首次上传，可在GEO archive 下的complete instructions中查看上传所需文档的详细解释。

点击Affymetrix进入，得到如下界面，第一个红框中列出了上传所需要的metadata文件（该表即GA_affy表中的metadata子表）， 第二个红框中列出了上传所需要的CEL格式的原始数据及第三个红框中列出了上传所需要的processed数据（该表也就是GA_affy表中的matrix子表） 。

相关表格模板在下方即可下载，但需根据芯片类型选择相应的表格。下载Affymetrix芯片的表格模板。

表格下载后，是GA_affy 命名的Excel表格。GA_affy表格要分为五个子表，前两个为上传者需要填写的部分；后三个为案例参考，上传者可以参考案例所示填写。需要上传者填写的两个表格分别为Metadata Template（主要填写跟文章相关的样本信息和实验信息）和Matrix Template(将标准化数据复制粘贴进去，即上文提到的txt文本格式的标准化数据)。

Metadata Template如下：

Matrix Template如下：

3、数据打包上传

Matadata表格填写完成以后，将该表格和原始数据打包压缩重命名，回到之前“GEOarchive”界面，点击submit, 进行上传，选择上传类型及数据公开时间。

5、审核发布