TARGET儿童肿瘤数据库下载临床和mRNA-seq数据
时间:2019-07-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
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TARGET数据库是儿童肿瘤数据库，适合做儿童肿瘤分析和挖掘，对TCGA数据库做了很好的补充，而且针对性更强。 1、首页在浏览器输入TARGET的官网网址：https://ocg.cancer.gov/programs/target 找到菜单“DATA ACCESS”——"ACCESS TARGET DATA MATRIX”，进入数据下载页面  TARGET数据库挖掘，生信自学网为大家准备了两个经典课程： 《TARGET儿童肿瘤数据库挖掘》 《TARGET数据库甲基化驱动基因分析》 2、进入数据页面，可以根据研究方向，下载儿童肿瘤的数据，比如我们这里选择“AML”作为研究对象，我们可以看到，由这些数据，大家可以根据分析下载，这里我们下载临床和mRNA-seq数据作为研究数据。  Clinical File：临床数据 Affymetrix Gene ST:芯片数据 Affymetrix SNP 6.0：SNP芯片数据（CNV） IIIumina Infunium 27k：甲基化 miRNA-seq：miRNA测序 Whole Genome：全基因组数据 Whole Exome：全外显子数据 mRNA-seq：mRNA-seq数据 Targeted Resequencing：TARGET数据库自行检测的数据  3、找到选项：“mRNA-seq”——“DCC Open”  进入下级页面，选择“L3” 接下来，选择“expresion”——“BCCA”  进入结果页面，我们需要下载所有这些数据，可以右键一个一个保存，如果数据比较多的话，需要耗费很多时间，所以需要利用ftp方法下载到本地。  复制当前网页的网址，然后打开一个文件夹，在文件夹目录栏把网址黏贴进入，就可以自动显示刚才所有的文件，然后把所有文件复制到本地文件夹就可以实现下载了。  4、打开临床数据选项：“Clinical File”，临床数据文件不多，下载比较简单，直接右键，另存为就可以下载临床数据文件。  当然下载临床数据也可以通过fpt的方法下载  TARGET数据库挖掘，生信自学网为大家准备了两个经典课程： 《TARGET儿童肿瘤数据库挖掘》 《TARGET数据库甲基化驱动基因分析》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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