生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

首先我们来看一下GDSC数据库：抗癌药物敏感性基因组学（GDSC，Genomics of Drug Sensitibity in Cancer）有英国桑格研究院开发，收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。癌基因组的变异会影响临床治疗的效果，不同的靶点对药物的反应也有很大不同。因此这类数据对于发现潜在的肿瘤治疗靶点之分重要。

GDSC的数据来自75000个实验，描述了约200个抗癌药物在1000多种肿瘤细胞中的反应。该数据库中的癌基因组突变信息来自COSMIC数据库，包括癌基因点突变、基因扩增与丢失、组织类型以及表达谱等。

用户可以从化合物、癌基因和细胞系3个层面对数据库进行检索，癌基因或细胞系对不同药物的反应会被详细列出，并且结果会以图形化的界面加以展示，包括统计分析，火山图及相关文献等。检索结果以及整个数据库都可由用户下载以进行后续分析。

重要概念：

IC50，半数抑制浓度，是指被测量的拮抗剂的半抑制浓度。它能只是某一药物或者物质（抑制物）在抑制某些生物程序（或者是包含在此程序中的某些物质，比如酶，细胞受体或是微生物）的半量。

在凋亡方面，可以理解为一定浓度在某些药物诱导肿瘤细胞凋亡50%，该浓度称为50%抑制浓度，即凋亡细胞和全部细胞数之比等于50%时所对应的浓度，IC50值可以用来衡量药物诱导凋亡的能力，即诱导能力越强，该数值越低，当然也可以反向说明某种细胞对药物的耐受程度。

AUC，血药浓度-时间曲线下面积。代表药物的生物利用度（药物活性成分从制剂释放吸收进入全身循环的程度和速度），AUC大则生物利用度高，反之则低。AUC 0-∞指药物从零时间至所有原形药物全部消除这一段时间的药-时曲线下总面积，反映药物进入血循环的总量。

癌症简写对照表（简称和TCGA数据库使用的是一样的，在做某个癌症分析之前，可以查询这个表）