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CGGA数据库数据下载

数据库网址：cgga.org.cn

CGGA数据库简介

CGGA数据库是一个用户友好的网络应用程序，用于数据存储和分析，以探索来自中国队列2000多个样本的脑肿瘤数据集。该数据库包括全外显子测序（286）、DNA甲基化（159）、mRNA测序（1018）、mRNA微阵列（301）和microRNA微阵列（198）以及匹配的临床数据。分析工具允许用户浏览DNA突变谱、mRNA/micorrna表达谱和甲基化谱，并对特定的胶质瘤亚型进行相关性和生存率分析。

主页界面

 

CGGA数据库的界面简洁友好，下载数据非常简单，选择DOWNLOAD菜单就可以进入下载界面

 

进入下载界面，我们选择需要的数据下载就可以了，我们这里给大家介绍的是mRNAseq数据，下载mRNAseq和样本的临床数据，CGGA数据库只有胶质瘤的数据，数据整理的也比较规范，所以后期分析也不像TCGA那么复杂

下载mRNAseq_693和mRNAseq_325的数据和临床数据用于后面做分析

 

下载之后解压我们就得到了这些数据，那么接下来把mRNAseq_693和mRNAseq_325数据整合在一起做后续的分析呢

因为涉及到批次问题，我们需要对数据做批次矫正，最后我们希望得到一个矩阵，做后续的分析。


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