生信分析常见错误习惯
时间:2017-11-17 来源:原创 作者:森莘
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| 文件夹和文件名 可能很多学员很不屑，文件名有什么好注意的，而恰恰当前很多咨询的问题，看似很复杂，其实是非常简单的 ，就是在生信分析时需要一律使用英文，英文的文件夹名，英文的文件名。这样可以节省很多时间，避免很多错误。 在做GEO芯片分析，TCGA数据库挖掘分析，SEER数据库挖掘时，我们经常用到Perl语言，Perl作为一门编程语言，正则表达式的内置对于处理文本非常方便，而我们的生物信息就是保存大量系列的文本文件；而对于Perl的运行，如果熟悉的学员会知道，我们必须使用英文的文件名，否则很多Perl脚本在CMD环境下运行时会报错的。所以做生信分析，需要养成一个好的习惯，把文件名规范，文件夹更加要规范，这不仅可以在操作上避免错误，也可以在数据查找时提高效率，也可以在二次开发时提供便利。 在TCGA数据下载和处理时，我们经常会用到TCGA数据库官网提供的gdc下载工具，这个工具下载TCGA的数据是非常方便的，在这个步骤，有不少学员犯了错误，而且很难找到这样一个不易察觉的错误，就是当文件夹有总问时，运行gdc工具是会直接报错，而且这个错误已经有很多学员咨询过，所以大家需要养成一个良好的习惯。 对于英文基础一般的学员，可以用翻译软件，把自己需要命名的关键词翻译成英文，再作为文件夹和文件的名称，这对于文件整理和处理都是非常有好处的。 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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