kegg运行报错fail to download KEGG data
时间:2022-06-08 来源:生信自学网 作者:伏泽
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| 最近kegg运行会遇到报错现象，首先来看下报错的界面内容：
Reading KEGG annotation online:
fail to download KEGG data...
Error in download.KEGG.Path(species) :
'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
此外: Warning message:
In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'
 遇到这样的界面如何处理，分三步： 第一：
输入这句命令安装一个R包：
install.packages('R.utils')
第二：
然后输入这句命令：
R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')
第三：
完成上面两步操作之后，复制代码里面的命令运行即可  另外R版本的话，建议使用R4.1.3 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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