生信分析在线工具汇总大全
时间:2019-07-29 来源:生信自学网 作者:乐伟
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| 在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，因此深受科研人员的喜爱。生信自学网在这里做个简单的整理。 RNA二级结构 1、Mfold 工具链接： http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold  2、RNAfold 工具链接： http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi  3、蛋白互作网络 String 工具链接： https://string-db.org/  学习PPI网络构建，可以学习生信自学网专利课程： 《蛋白互作和共表达网络构建》 4、基因共表达网络 Coexpedia 工具链接： http：//www.coexpedia.org/  5、序列Motif MEME 工具链接： http://meme-suite.org/  6、Weblogo 工具链接： http://weblogo.threeplusone.com/  7、基因信息查找 Genecard 工具链接： http://www.genecards.org  8、序列展示 ESPript 工具链接： http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi  9、Gene ID转化 BioMart 工具链接： http://www.ensembl.org/index.html  TCGA数据库用的是ensembl ID，在分析的时候需要转换为GENE symobl，可以学习生信自学网的课程： 《TCGA基础课程差异分析生存分析》 10、g:profiler 工具链接： https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert  11、韦恩图 Venny2.0 工具链接： http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html  12、OmicShare 韦恩图工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn  13、三元图 Ternary plot maker 工具链接： https://www.ternaryplot.com/  14、基因结构分析 FGENES 工具链接： http://softberry.com/ 范例结果：   15、系统发育分析 iTOL 工具链接： https://itol.embl.de/  16Evolview 工具链接： http://www.evolgenius.info/evolview/  17、启动子预测 Promoter Scan 工具链接： http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/  18、蛋白一级结构预测 PredictProte 工具链接： https://www.predictprotein.org/home  19、ProtParam tool 工具链接： http://web.expasy.org/protparam/  20、信号肽预测 SignalP 工具链接： http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/  21、跨膜结构域 TMHMM Server v. 2.0 工具链接： http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/   22、亚细胞定位 PSORT 工具链接： https://www.psort.org/  23、蛋白三级结构预测 SWISS-MODEL 工具链接： https://swissmodel.expasy.org/  24、Phyre2 工具链接： http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index  25、短序列拼接 Cap3 工具链接： http://doua.prabi.fr/software/cap3  26 、GO富集分析 OmicShare GO富集分析工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html  27、KEGG富集分析 OmicShare KEGG富集分析工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html  28、趋势分析 OmicShare 趋势分析工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend  29、蛋白结构域预测 Pfam 工具链接： http://pfam.xfam.org/search  30、基因组杂合性评估 GenomeScope 工具链接： http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2  31、圈图 CIRCOS 工具链接： http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/  生信自学网推荐精品课程： 《单基因挖掘套路基于TCGA数据库》 《TCGA肿瘤突变负荷》 《GTEx数据库联合TCGA数据库挖掘》 《中药复方网络药理学》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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