小RNA测序分析数据下载miRNA、siRNA和piRNA
时间:2019-07-30 来源:生信自学网 作者:乐伟
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小RNA测序
小RNA是一类是长度在18-30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能够调控基因的表达，在细胞生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色。通过高通量测序技术，可以发掘全基因组水平的小RNA图谱、对miRNA表达水平定量、挖掘新的miRNA分子、预测靶基因、鉴定样品间差异表达分析。学生信，上生信自学网 一、数据下载 主要从NCBI、EBI数据库下载 下载原始数据（fastq）http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ http://www.ebi.ac.uk/ 以NCBI下载为例，首先打开NCBI数据库，进入主页之后，在数据类型，我们选择“SRA”，在搜索框输入我们需要搜索的内容，比如” microrna sequencing human”  或者直接搜索代码“ERX657496”，我们生信自学网将用这个数据为例给大家讲解  进入页面之后，我们选择Run下面的代号，点击进入详情页面，进入到“ERR713574”页面之后，我们复制实验号“ERX657496”  拉倒当前页面的上部分，找到Download-FASTA/FASTQ，进入搜索页面，把刚才复制的实验号输入到搜索框  进入到结果页面，数据格式我们选择FASTQ，然后点击Download下载数据   二、质控 对得到的数据质量控制，做数据过滤 三、reads长度分布统计 四、全基因组比对 五、已知miRNA鉴定 六、Rfam数据比对 七、差异表达 八、miRNA靶基因 九、新miRNA预测 十、其他分析 如果大家需要详细学习，可以购买《小RNA测序分析》课程 微信下单直接进入：《小RNA测序分析》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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