单基因批量筛选方法之生存分析过滤
时间:2019-08-29 来源:生信自学网 作者:乐伟
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单基因筛选过滤，层层筛选，层层过滤，用数据库本身数据，得到最佳理想效果的基因。 1、生存数据和表达数据合并 这里我们用到两个文件，一个是临床数据文件，一个是表达文件，根据样本代号，可以把两个文件合并起来，合并的方法很简单，生信自学网这里使用perl脚本，运行之后直接出结果，简单又高效。  2、得到合并后的矩阵expTime.txt，我们开始做第一个筛选：生存分析过滤 这里我们会用到两种方法，一种是KM的方法，一种是Cox的方法。 KM方法是离散的方法，根据基因表达量中位值，把样本分成高低表达两组，比较两组之间是否存在差异，这是一个离散的比较，比较两组是否有生存差异。 Cox方法是把基因当成一个连续变量，跟生存时间和生存状态进行比较，看基因表达是否和生存相关。 这里筛选条件，是KM方法和Cox方法同时小于0.001 然后把同时符合条件的基因信息保存下来，做接下来的筛选  第一列就是基因名称， KM方法的p值，后面几列是cox分析的结果，分别是HR值，95% CI以及cox分析的p值，表里面输出的基因都是KM和Cox的p值都小于0.001的结果。 同时输出用于后续分析的一个表格：  生存相关显著的基因矩阵，用于后面的几层筛选使用 后面我们会介绍其他几个步骤 购买这个课程生信自学课堂精品课程推荐：《自噬基因预后模型文章套路》 《免疫基因预后模型5分文章套路》 《TCGA免疫细胞浸润模式挖掘》 《TCGA肿瘤微环境》 《TCGA肿瘤突变负荷》 《单基因文章套路基于TCGA数据库》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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