devtools安装SingleR和gganatogram包报错
时间:2020-07-20 来源:生信自学网 作者:乐伟
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| 在学习《GTEx联合TCGA挖掘》、《单细胞测序GEO芯片挖掘》时，经常有学员遇到个别R包无法安装的问题 大部分情况，时因为网速限制的问题，因为从github下载R包需要一定的网速，如果是用网忙时一般都会遇到报错，比如：  看下两个包的安装脚本： 1、SingleR （主要用于注释细胞类型，非常好用的一个R包） #install.packages("devtools") #library(devtools) #devtools::install_github('dviraran/SingleR') 2、gganatogram包 （主要用于绘制解剖图） #install.packages("devtools") #library(devtools) #devtools::install_github("jespermaag/gganatogram") 从命令我们很容易看出，从github下载R包都是通过devtool工具，很多学员在安装和调用devtools包经常会出现类似报错的信息，其实这个包安装很容易，基于R3.6.1，可以很快安装调用，到了devtools::install_github("jespermaag/gganatogram")这句命令，就需要网速比较好，一般凌晨用网闲时，下载数据比较快，以下界面是在凌晨5点下载的界面，供大家参考： 1、工具：R 3.6.1 2、网络：电信（这个其实也挺重要，其他宽带上外网比较难） 3、输入安装命令    生信自学网课程推荐： 《GTEx联合TCGA数据库挖掘》 《单细胞测序GEO芯片挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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