TCPA数据库在线工具使用
时间:2020-01-31 来源:生信自学网 作者:乐伟
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| TCPA数据库在线工具使用 1、进入主页：https://www.tcpaportal.org/ 点击“Patient Cohorts”进入数据页面  2、进入页面之后，有四个在线工具，分别是Summary（数据预览）、My Protein（蛋白在所有癌症的分布）、Visualization(可视化-网络和热图)、Analysis（单个蛋白分析-生存、柱状图、相关性）  一、Summary 进入之后可以看到各个癌症的样本数目和蛋白数目   二、My Protein 进入之后可以看到每个蛋白，蛋白对应的基因等信息，找到自己感性却的蛋白，点击后面的view按钮，就可以进入该蛋白在各个癌症的柱状图   三、Visualization 进入之后可以看到Network Visualization网络菜单和Heatmap Visualization热图菜单 A、Network Visualization 进入之后选择自己研究的癌症种类，点击show就可以得到结果图片   B、Heatmap Visualization 进入之后，选自自己感兴趣的肿瘤，下面有三个图，K=3，K=4，K=5，分别是指需要分几个cluster，也就是肿瘤分型，选择进入之后就可以得到结果热图，然后左上角Misc-PDF就可以下载PDF格式图片   四、Analysis 进入之后可以看到两个菜单：Individual Cancer Analysis、Pan-cancer Analysis  A、Individual Cancer Analysis 包含三个分析： 1、Correlation Analysis 相关性分析：选择感兴趣的癌症，点击show，就会列出该癌症所有蛋白的相关性分析，然后点击Plot，选择自己感兴趣的蛋白查看   2、Differential Analysis 差异分析，做的是两种癌症之间的差异，所以需要选择感兴趣的两种癌症  然后选择自己感兴趣的蛋白，点击Plot就可以出图，还可以点击后面小图标进行图片保存  3、Survival Analysis 生存分析：选择感兴趣的癌症，点击show，每个蛋白的生存曲线有两个参数，Cox P 和Log-Rank P  然后选择需要分析的蛋白，点击Plot就可以出图  B、Pan-cancer Analysis  1、Protein Centric Analysis 比如选择Clinical，可以得到这样的柱状图  2、Pathway Centric Analysis 精品课程推荐： 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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