桑基图绘制TCPA蛋白数据库蛋白共表达分析
时间:2020-02-02 来源:生信自学网 作者:乐伟
微信公众号:biowolf_cn 点击:次
| TCPA蛋白数据库蛋白共表达分析和桑基图绘制 1、蛋白共表达分析 构建模型之后，我们就得到模型蛋白，那么我们希望得到和模型蛋白共表达的蛋白，看看哪些蛋白和模型蛋白是有共表达关系的 输入文件：第一个就是所有蛋白表达文件，这个文件我们对下载的蛋白矩阵整理之后，得到了impute.txt，这个文件包含了所有蛋白的表达  第二个就是构建模型之后，包含模型蛋白的文件，risk.txt这个文件就包含这些信息  做共表达分析筛选条件：cor的绝对值大于0.4，p值小于0.001 相关性检验方法：cor.test() 绘制散点图：plot()  保存相关性表格cor.xls，结果文件包含四列，分别是模型蛋白，与模型蛋白相关的蛋白，cor相关系数，pvalue 相关性散点图，参考线从左往右，斜率大于0，说明蛋白之间是正相关，斜率小于0，说明蛋白之间是负相关  2、桑基图绘制 得到相关性数据cor.txt之后，我们就可以绘制桑基图，这个图现在比较流行，经常在最新发表的文献中看到 桑基图可以对共表达蛋白进行可视化，左边是模型蛋白，右边是跟模型蛋白相关的蛋白，左边蛋白和右边蛋白有连线的话，说明两个蛋白是由相关性的，没有连线的话，说明是没有相关性的，非常直观的展示相关性 输入文件：cor.txt R包： install.packages("ggplot2") install.packages("ggalluvial") 调用R包： library(ggalluvial) library(ggplot2) library(dplyr) 函数：to_lodes_form() ggplot()  然后绘制图形，就可以得到结果图 精品课程推荐： 《TCGA蛋白质数据库挖掘》 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
|
- 上一篇：TCPA蛋白数据库多指标ROC曲线绘制
- 下一篇：CPTAC蛋白质数据简介和数据下载