miRNA的命名规则详解以及最全物种三字母缩写
时间:2020-03-12 来源:生信自学网 作者:乐伟
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miRNA(microRNA)是一类长度约20～23个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。 命名规则 miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例) ①确定命名规则之前发现的miRNA，保留原来名字，如hsa-let-7。 ②miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122； ③高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等； ④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2； ⑤通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA，则继续在名称之后加上-5p/-3p等，如hsa-miR-122-5p。 补充说明：在较早文献中可看到，表达水平较高的miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。  目前的miRBase 21.0对miRNA成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。  miRNA编号及名称(以动物miRNA为例) miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列，其中： ① miRNA的前体(precursor miRNA, pre-miRNA) 发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。 ② miRNA的成熟体(mature sequence) 大约20～23nt的miRNA成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421；另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。  不同物种命名方式差别 ① 动物： miRNA前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122； miRNA成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p；  ② 植物： miRNA前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”； miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”；  ③ 病毒： miRNA前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1； miRNA成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。  物种缩写列表   精品课程推荐： 《TCGA数据库miRNA预后模型构建》 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 (责任编辑：伏泽 微信：18520221056) 
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