区分mRNA和和lncRNA

前面我们得到了基因的矩阵，接下我们我们就要将这个基因的矩阵进行整理，把它分为两个矩阵，一个编码蛋白的mRNA矩阵，另一个是长非编码RNA的矩阵。

我们要用到一个关于人的配置文件humang.gtf和基因的矩阵文件，这两个都是我们之前下载好的。

其中基因的矩阵文件里包含了两种RNA。
人的配置文件里包含了基因对应的属性，通过这个配置我们可以知道，哪个基因是属于蛋白编码RNA，哪个基因是属于长非编码RNA。
通过运行我们的脚本文件，我们可以得到两个文件，就是分离之后的mRNA矩阵和长非编码RNA的矩阵。

接下来我们要做的就是查找免疫相关的基因集，我们先要进入GSEA官网，找到下载基因集的地方，如图

也可以通过链接https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/search.jsp进入。
在里面我们搜索我们要查找的基因集IMMUNE_RESPONSE
和IMMUNE_SYSTEM_PROCESS

然后我们就可以将搜索到的结果下载下来（我们要下载GMT格式）。

下载好后，我们可以通过mRNA的表达文件以及脚本文件在mRNA表达文件里提取出存在于两个基因集中的基因。