lncRNA风险曲线的绘制

时间:2020-11-08  来源:生信自学网   作者:刘鑫   
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lncRNA风险曲线的绘制 风险热图和风险曲线，还有生存状态图，这些图形在cox模型中出现的频率很高，我们去看cox相关的文章几乎都会有这些图形。 下面是风险曲线的三张小图，分别是热图，曲线图和生存状态图 这三张图有个共同的特点，就是它们的横坐标都是一致的，它们的横坐标其实是根据样品的风险值，由低到高排序，最终才绘制成这样的图形。下面我们来绘制这样三张图形。 首先我们先绘制风险热图   从热图中我们可以看到，随着风险值的增高，除第二个基因其余四个基因的表达量都降低了，也就说着四个基因它是低风险的基因，而第二个基因是高风险的基因。   要绘制这样一个热图，我们要用到之前多因素cox分析后得到的包含lncRNA风险值的文件。要绘制热图，我们要用到这个文件中的风险值和风险评估（最后两列），当然我们也要用到两个lncRNA的表达量，有了这个文件和我们的脚本文件，我们就可以绘制生存热图。   通过运行我们的脚本，我们可以得到这样一个图形： 热图绘制完了，接下来绘制风险曲线图。   风险曲线图的话，它的横坐标也是一样的，也是将病人按照风险值由低到高进行排序，纵坐标呢就是它的风险值，所以这个纵坐标是一直往上走的。图形的中间有个中位值，区分高低风险。中位值的左边就是低风险，用绿色表示，它的右边就是高风险，用红色表示，从图中看的出它的中位值为1。   在临床应用的时候也是根据这个值去判断，如果大于1的话，我们就把它划为高风险，如果小于1就划到低风险。 下面我们绘制这个图形，需要的输入文件同样是上面提到的risk.txt文件。 通过脚本，我们可以得到我们的图形。 最后我们再来绘制生存状态图 生存状态图，它的横坐标和前面我们提到的两张图是一样的，也是将病人按照风险值由低到高排序。排序好了之后，我们就把病人的生存时间标上去，也就是说我们这里的纵坐标就是病人的生存时间，然后我们也会把这个病人的生存状态通过不同颜色的点标上去，红色的点它代表病人已经死亡，绿色的点就代表这个病人还存活着。 所以从这个图里面我们可以看到随着这个风险值的增大，死亡的病例越来越多，然后同时我们也可以看到生存时间，左边的生存时间相对于右边来说要高一些，随之风险的增大，生存时间也就降低了，死亡的人数也就增加了。   下面我们来绘制这个图形，绘制这个图形的输入文件和前一篇文章讲的一样，也是risk.txt文件，脚本文件的话是我们自己准备好的文件，大家可以通过购买我们的课程获得该套课程的学习视频和脚本文件。 通过R运行我们的脚本文件，我们就可以得到我们需要的生存状态图了。 购买课程： 《免疫相关lncRNA文章套路视频课程》 精品课程推荐： 《TCGA数据库甲基化分型文章套路》 《GEO数据库miRNA芯片挖掘》 《中药复方网络药理学联合GEO芯片》 (责任编辑：伏泽   微信：18520221056)

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